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在代謝產(chǎn)物發(fā)現(xiàn)與作用機(jī)制研究這一傳統(tǒng)領(lǐng)域,液滴培養(yǎng)組學(xué)帶來(lái)了顛覆性的創(chuàng)新思路。面對(duì)病原微生物耐藥性日益嚴(yán)峻的全球挑戰(zhàn),從復(fù)雜環(huán)境樣本或合成化合物庫(kù)中快速篩選新型代謝產(chǎn)物變得至關(guān)重要。液滴系統(tǒng)通過(guò)將單個(gè)環(huán)境微生物(如土壤細(xì)菌)與報(bào)告病原菌共同包裹在微滴中,構(gòu)建了海量的“生產(chǎn)者-指示者”對(duì)。在共培養(yǎng)過(guò)程中,如果生產(chǎn)者菌株能夠分泌抑制或殺死報(bào)告病原菌的活性物質(zhì),其所在的微滴便會(huì)通過(guò)報(bào)告菌的熒光減弱或形態(tài)變化等讀出信號(hào)被識(shí)別。隨后,這些“命中”的液滴可以被分選出來(lái),用于活性化合物的分離與鑒定。這種基于共培養(yǎng)的策略,不僅顯著提高了篩選通量、降低了試劑消耗,更重要的是它能夠直接挖掘微生物之間在自然狀態(tài)下存在的拮抗相互作用,更容易發(fā)現(xiàn)具有新穎結(jié)構(gòu)或作用機(jī)制的活性先導(dǎo)化合物。此外,該系統(tǒng)同樣適用于研究代謝產(chǎn)物對(duì)病原菌的作用機(jī)理:將藥物與單個(gè)細(xì)菌包裹,通過(guò)長(zhǎng)時(shí)間活細(xì)胞成像,可以在單細(xì)胞水平精確觀察藥物誘導(dǎo)的形態(tài)變化、生長(zhǎng)抑制或殺滅動(dòng)力學(xué),揭示異質(zhì)性的耐藥應(yīng)答,為理解耐藥性產(chǎn)生機(jī)制和開(kāi)發(fā)聯(lián)合用藥策略提供寶貴的動(dòng)態(tài)數(shù)據(jù)。 系統(tǒng)兼容多種檢測(cè)模式,包括光學(xué)、化學(xué)發(fā)光及拉曼光譜等,應(yīng)用靈活。廣東管式培養(yǎng)液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)

在腸道菌群研究領(lǐng)域,液滴微流控技術(shù)為解決微生物“暗物質(zhì)”難題提供了劃時(shí)代的工具。傳統(tǒng)體外培養(yǎng)方法嚴(yán)重依賴(lài)人工培養(yǎng)基配方,導(dǎo)致人體腸道中超過(guò)80%的微生物物種難以在實(shí)驗(yàn)室條件下生長(zhǎng),這一瓶頸極大地限制了對(duì)腸道菌群功能與機(jī)制的深入探索。液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)通過(guò)將單個(gè)微生物細(xì)胞與多樣化的營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)共同包裹在微滴中,構(gòu)建了海量的“單細(xì)胞-微環(huán)境”組合。每個(gè)微滴相當(dāng)于一個(gè)超微型的單獨(dú)培養(yǎng)單元,可以并行測(cè)試成千上萬(wàn)種不同的培養(yǎng)條件,包括特定的碳氮源、生長(zhǎng)因子、信號(hào)分子或抑制劑。這種高通量、低成本的篩選策略,使得研究人員能夠以“撒網(wǎng)”的方式探索不可培養(yǎng)微生物的生長(zhǎng)偏好,從而發(fā)現(xiàn)其生存所需的獨(dú)特營(yíng)養(yǎng)組合或物理化學(xué)信號(hào)。當(dāng)某個(gè)液滴中的微生物成功增殖時(shí),其特定的培養(yǎng)條件信息便與微生物的身份被同步鎖定。通過(guò)流式細(xì)胞分選術(shù)或微流控分選技術(shù),這些“被喚醒”的微生物可以被回收,用于后續(xù)的擴(kuò)大培養(yǎng)、基因組測(cè)序或功能驗(yàn)證。該方法不僅極大地拓展了可培養(yǎng)的腸道微生物資源庫(kù),更有助于揭示不同菌株在復(fù)雜群落中的生態(tài)位與相互作用網(wǎng)絡(luò),為理解腸道微生態(tài)在健康與疾病狀態(tài)下的動(dòng)態(tài)變化提供了前所未有的分辨率。 廣東管式培養(yǎng)液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)該平臺(tái)適用于病毒學(xué)領(lǐng)域,可用于快速篩選能中和病毒的高效單克隆抗體。

工業(yè)酶制劑的開(kāi)發(fā)嚴(yán)重依賴(lài)于定向進(jìn)化技術(shù),而該技術(shù)的瓶頸在于如何從海量的突變庫(kù)中快速篩選出具有優(yōu)良性狀的變體。液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)通過(guò)建立“表型-基因型”直接關(guān)聯(lián)的超高通量篩選方案,完美地解決了這一難題。該系統(tǒng)將單個(gè)突變體細(xì)胞、熒光底物或特定反應(yīng)條件共同封裝在液滴中。當(dāng)液滴內(nèi)的細(xì)胞表達(dá)了高性能的酶變體時(shí),它能將底物轉(zhuǎn)化為強(qiáng)烈的熒光信號(hào),從而使該液滴可被光學(xué)檢測(cè)系統(tǒng)識(shí)別并分選。這種方法的通量和效率遠(yuǎn)超傳統(tǒng)的基于菌落的篩選方法,能夠同時(shí)評(píng)估酶的活性、穩(wěn)定性及底物特異性等多維指標(biāo),很大程度上縮短了工業(yè)生物催化劑的研發(fā)周期,為綠色生物制造持續(xù)注入創(chuàng)新動(dòng)力。
液滴微流控平臺(tái)為研究微生物的合成生物學(xué)應(yīng)用提供了新的工具。通過(guò)將遺傳工程改造的微生物細(xì)胞封裝在液滴中,可以高通量篩選具有理想特性的工程菌株。系統(tǒng)特別適用于研究合成基因回路的功能,因?yàn)橐旱蔚姆忾]環(huán)境避免了細(xì)胞間相互干擾。利用熒光報(bào)告基因,可以定量表征基因回路的動(dòng)態(tài)行為和細(xì)胞間變異性。此外,液滴系統(tǒng)還能用于優(yōu)化微生物細(xì)胞工廠的生產(chǎn)性能,通過(guò)監(jiān)測(cè)目標(biāo)產(chǎn)物的積累情況篩選高產(chǎn)菌株。近年來(lái),研究人員還開(kāi)發(fā)了在液滴中進(jìn)行定向進(jìn)化的方法,通過(guò)連續(xù)傳代培養(yǎng)和突變體篩選,加速微生物性狀的改良過(guò)程。液滴的微小體積也減少了昂貴試劑的使用量,降低了篩選成本。特別值得關(guān)注的是,液滴系統(tǒng)能夠?qū)崿F(xiàn)實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)和動(dòng)態(tài)調(diào)控,為理解合成生物學(xué)系統(tǒng)的動(dòng)態(tài)特性提供了獨(dú)特視角。
液滴培養(yǎng)組學(xué)為“微生物暗物質(zhì)”研究提供了照亮其生物學(xué)功能的明燈。

基于液滴的數(shù)字PCR與定量培養(yǎng)技術(shù)相結(jié)合,為微生物學(xué)提供了定量的強(qiáng)大工具。在微生物生態(tài)學(xué)、環(huán)境監(jiān)測(cè)和臨床診斷中,精確測(cè)定樣品中特定微生物的活菌濃度至關(guān)重要。傳統(tǒng)的菌落形成單位計(jì)數(shù)法不僅耗時(shí)長(zhǎng)達(dá)數(shù)天,且精度有限,尤其對(duì)于生長(zhǎng)緩慢或需求苛刻的微生物。液滴培養(yǎng)系統(tǒng)將樣品進(jìn)行系列稀釋后,與營(yíng)養(yǎng)培養(yǎng)基混合并生成大量微滴。根據(jù)泊松分布原理,經(jīng)過(guò)適當(dāng)稀釋?zhuān)蟛糠忠旱沃胁缓魏渭?xì)胞,少部分液滴含有一個(gè)細(xì)胞,極少數(shù)含有多個(gè)細(xì)胞。將整個(gè)液滴陣列在適宜條件下培養(yǎng)后,通過(guò)統(tǒng)計(jì)出現(xiàn)生長(zhǎng)的液滴比例,即可反向計(jì)算出原始樣品中的活菌濃度。這種方法被稱(chēng)為微滴數(shù)字培養(yǎng),其靈敏度極高,甚至能夠檢測(cè)出樣品中極其稀有的目標(biāo)微生物。更重要的是,該系統(tǒng)可以與熒光探針相結(jié)合,在培養(yǎng)結(jié)束后對(duì)液滴進(jìn)行基于數(shù)字PCR原理的檢測(cè):對(duì)每個(gè)液滴進(jìn)行終點(diǎn)熒光信號(hào)讀取,只有那些含有目標(biāo)微生物且其增殖達(dá)到一定程度的液滴才會(huì)被判定為“陽(yáng)性”。這種將生長(zhǎng)表型與特異性核酸檢測(cè)相結(jié)合的“表型-PCR”雙確認(rèn)模式,極大地提高了定量的準(zhǔn)確性和特異性,特別適用于在復(fù)雜背景菌群中量化某一特定病原菌或功能菌株的豐度。 部分系統(tǒng)采用 “動(dòng)靜結(jié)合” 操控技術(shù),兼顧單細(xì)胞液滴的精確追蹤與多步反應(yīng)的高效執(zhí)行。廣東管式培養(yǎng)液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)
該技術(shù)通過(guò)模擬自然生境,為研究未培養(yǎng)微生物的生理功能開(kāi)辟了新路徑。廣東管式培養(yǎng)液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)
微生物進(jìn)化實(shí)驗(yàn)因液滴培養(yǎng)系統(tǒng)的應(yīng)用而實(shí)現(xiàn)了前所未有的規(guī)模與控制水平。研究微生物在特定條件下的適應(yīng)性進(jìn)化對(duì)于理解進(jìn)化動(dòng)力學(xué)和預(yù)測(cè)微生物在自然環(huán)境中的變化至關(guān)重要。傳統(tǒng)進(jìn)化實(shí)驗(yàn)通常在大體積培養(yǎng)瓶中進(jìn)行,難以控制種群結(jié)構(gòu)和環(huán)境參數(shù),且通量有限。液滴微流控技術(shù)允許在數(shù)千個(gè)隔離的微環(huán)境中平行進(jìn)行進(jìn)化實(shí)驗(yàn),每個(gè)液滴中的微生物群體經(jīng)歷不同的選擇壓力。通過(guò)定期采樣和監(jiān)測(cè),可以追蹤適應(yīng)性突變的發(fā)生和固定過(guò)程,揭示進(jìn)化路徑的重復(fù)性與contingency。該系統(tǒng)特別適合研究空間結(jié)構(gòu)種群中的進(jìn)化動(dòng)力學(xué),因?yàn)橐旱蝺?nèi)的有限空間和資源創(chuàng)造了強(qiáng)烈的競(jìng)爭(zhēng)環(huán)境。此外,通過(guò)液滴融合技術(shù),可以定期在進(jìn)化群體間引入基因流,模擬自然條件下的遷移事件。這些高度可控的大規(guī)模進(jìn)化實(shí)驗(yàn)為了解微生物適應(yīng)性進(jìn)化的基本規(guī)律提供了豐富數(shù)據(jù),也對(duì)策略設(shè)計(jì)和生物技術(shù)應(yīng)用具有指導(dǎo)意義。 廣東管式培養(yǎng)液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)
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