轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果及TCGA數(shù)據(jù)庫分析)圖5RNA-Seq和m6A-seq聯(lián)合鑒定SOCS2是介導的m6A修飾的下游靶基因PLoSOne2015,在許多不同種類的RNA中,都已觀察到N6-腺苷(m6A)的甲基化,但其在microRNAs中還沒有被研究。研究者在FTO1C1,FTO2D4和FTO3C3細胞系中,通過敲除m6A甲基轉(zhuǎn)移酶FTO篩選到表達差異的microRNA,說明miRNA受m6A甲基化的調(diào)控。進一步通過MeRIP-Seq發(fā)現(xiàn)相當一部分的microRNA具有m6A修飾。通過motif分析,他們發(fā)現(xiàn)了區(qū)分甲基化和非甲基化microRNA的一致序列。該文章所述的表觀遺傳修飾在基因表達的轉(zhuǎn)錄調(diào)控的復雜性上增加了一個新的層次。圖FTO敲除對甲基化的miRNAs的穩(wěn)定狀態(tài)的影響。參考文獻Y,DominissiniD,RechaviG,HeC:Geneexpressionregulationmediatedthroughreversiblem(6)(5):(1):(12):(6):(1):(1):(uridine)(41):(6)(7540):(1):(7481):(4):(6)A-LAIC-seqrevealsthecensusandcomplexityofthem(6)(8):UTRm(6)(4):(7544):(6)(6):(5):(7667):(2):"">panstyle="color:#f5c81c;">xiainducesthebreastcancerstemcellphenotypebyHIF-dependentandALKBH5-mediatedm(6)(14):"">panstyle="color:#f5c81c;">(40):(6)(3):(1):(1):(4):(11):。免疫沉淀技術(shù)是一種研究蛋白質(zhì)間交互作用的生物技術(shù)。江蘇模式科研技術(shù)服務(wù)外包
把膜先用TBST泡洗兩遍再用5%脫脂奶粉或者BSA室溫封閉1-2小時。注意一定要讓蛋白面充分接觸封閉液。2、孵一抗脫脂奶粉封閉的話,要用TBST泡洗三遍再轉(zhuǎn)移至一抗溶液中,BSA封閉的可以直接轉(zhuǎn)移至一抗中。如果膜的寬(膜是一個長方形,這里的寬與長相對應(yīng))不大于8毫米,我習慣置于15毫升離心管中孵育,兩條膜"背對背"式放置于一個管子里(3毫升液體即可)。如果大于8毫米,就用普通的5格的一抗孵育盒(4毫升即可)。4度過夜,一般是12-18個小時,注意放置水平,用搖床。內(nèi)參等蛋白豐度很高的如果孵久了可能出現(xiàn)條帶連在一起的情況,這時可以縮短孵育時間或者降低一抗的濃度。六、孵二抗顯影1、孵二抗室溫一個小時足矣。這步要注意的是建議用5%BSA或者脫脂奶粉稀釋二抗,這樣背景會干凈許多。也要注意膜的蛋白面要充分接觸二抗溶液,我們一般一條膜一個槽地孵。2、顯影這一步有個細節(jié)可能有些同學沒注意到,就是ECL發(fā)光液要與HRP反應(yīng)一分鐘后顯影效果才會更好,還有要注意的是顯影液要均勻覆蓋,一般第二次顯影(加新的顯影液)比一次好看。云南血液科研技術(shù)服務(wù)服務(wù)了解更多關(guān)于動物模型的問題歡迎來電咨詢,如您需要,竭誠為您服務(wù)。
原理HE染色主要使用蘇木精和伊紅這兩種染液,其中蘇木精堿性染液為藍色,可以將組織的酸性結(jié)構(gòu)染成藍紫色(細胞核呈現(xiàn)藍色;軟骨基質(zhì)、鈣鹽顆粒呈深藍;粘液呈灰藍);伊紅是一種化學合成的酸性染料,在水中解離成帶負電荷的陰離子,易于蛋白質(zhì)氨基中的正電荷結(jié)合使細胞漿染色。細胞漿、肌肉、結(jié)締組織、嗜伊紅顆粒等被染成不同程度的紅色或粉紅色。材料與儀器小鼠、固定液、酒精、二甲苯、石蠟、蜂蠟蘇木精染液、伊紅酒精溶液、鹽酸酒精溶液甘油蛋白粘片劑、中性樹膠石蠟包埋機、切片機、恒溫箱、蠟杯酒精燈、解剖剪、培養(yǎng)皿、鑷子、單面刀片染色缸、蓋玻片、載玻片、玻片盤、顯微鏡溫度計、水浴鍋步驟一、制作卵巢石蠟切片1、取材小鼠腹腔注射戊巴比妥鈉(50mg/kg)進行麻醉,頸椎脫臼法處死小鼠,取出雙側(cè)卵巢。取下所需組織,切成一小塊3~4mm厚。2、固定、洗滌、脫水(1)將切好的卵巢組織用生理鹽水洗一下,使用中性福爾馬林固定液固定30~50min。后用流水沖洗3次,每次5min。(2)卵巢組織依次經(jīng)70%、80%、90%乙醇溶液脫水,各30min。(3)再放入95%、100%乙醇溶液各2次,每次20min。3、透明、透蠟(1)使用純酒精、二甲苯等量混合液處理組織15min。
制作該模型的方法為大鼠腹腔麻醉消毒后選取腹部正中切口打開腹腔長約2cm,尋找盲腸,小心分離其遠端與大腸的系膜,在盲腸遠端1/2處用無菌4號絲線緊緊結(jié)扎,并用無菌7號針頭在已結(jié)扎盲腸遠端處貫通穿刺,然后把盲腸推回腹腔,關(guān)閉腹腔。影響因素多數(shù)研究一致認為盲腸結(jié)扎位置是CLP模型中死亡率和疾病嚴重程度的主要決定因素。結(jié)論為:①結(jié)扎25%或以下的盲腸死亡率幾乎為零,為輕度膿毒癥;②結(jié)扎50%~60%的盲腸導致術(shù)后死亡率為60%,為中度膿毒癥;③結(jié)扎75%或以上的盲腸導致小鼠在術(shù)后2~3d內(nèi)全部死亡,為重度膿毒癥。而在不同程度膿毒癥中,死亡主要集中在初的48h內(nèi)。有研究通過改變盲腸結(jié)扎位置和穿刺針直徑來調(diào)節(jié)膿毒癥的嚴重程度,其中提到與結(jié)扎長度小于1cm的小鼠相比,結(jié)扎長度超過1cm的小鼠死亡率增加至100%;增加穿刺針的直徑也使得存活率從100%(22G針)降低至55%(19G針)。結(jié)論為:在上述兩個因素中,盲腸結(jié)扎位置比針頭大小影響更為。CLP誘導的膿毒癥術(shù)后6h即可出現(xiàn)菌血癥,術(shù)后約12h出現(xiàn)膿毒癥相關(guān)臨床癥狀,包括發(fā)熱、寒戰(zhàn)、毛發(fā)豎立、全身無力和活動減少等,術(shù)后18h開始死亡??傊谥谱鰿LP模型時??偟膩碚f,動物疾病模型是一種重要的研究工具,可以幫助科學家們更好地了解疾病的發(fā)生機制和開發(fā)新方法.
RNA甲基化修飾(m6A)研究RNA甲基化修飾約占所有RNA修飾的60%以上,而N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A)是高等生物mRNA和lncRNAs上為普遍的修飾。目前發(fā)現(xiàn)microRNA,circRNA,rRNA,tRNA和snoRNA上都有發(fā)生m6A修飾。m6A修飾主要發(fā)生在RRACH序列中的腺嘌呤上,其功能由“編碼器(Writer)”、“消碼器(Eraser)”和“讀碼器(Reader)”決定[1]。“編碼器(Writer)”即甲基轉(zhuǎn)移酶,目前已知這個復合物的成分有METTL3,METTL14,WTAP和KIAA1429;而ALKBH5和FTO作為去甲基酶(消碼器)可逆轉(zhuǎn)甲基化;m6A由m6A結(jié)合蛋白識別,目前發(fā)現(xiàn)m6A結(jié)合蛋白(讀碼器)有YTH結(jié)構(gòu)域蛋白(包括YTHDF1,YTHDF2,YTHDF3,YTHDC1和YTHDC2)和核不均一蛋白HNRNP家族(HNRNPA2B1和HNRNPC)。m6A酶系統(tǒng)METTL3是早先被鑒定為結(jié)合SAM的組件,其缺失引起小鼠胚胎干細胞、Hela細胞和HepG2細胞中m6Apeaks的減少。METTL3及其同源蛋白METTL14定位在富含剪切因子的細胞核內(nèi)亞細胞器-核小斑(Nuclearspeckle)上,顯示m6A修飾可能和RNA的剪切加工相關(guān)。WTAP與METTL3–METTL14二聚體相互作用,并共定位于核小斑,影響甲基化效率,參與mRNA剪。而KIAA1429作為候選的甲基轉(zhuǎn)移酶復合體的新亞基。維持細胞內(nèi)外環(huán)境的穩(wěn)定。細胞質(zhì)是細胞內(nèi)的液體,其中包含了各種細胞器和細胞骨架等結(jié)構(gòu)。江蘇科研技術(shù)服務(wù)
動物實驗這些取樣細節(jié),你有注意嗎?江蘇模式科研技術(shù)服務(wù)外包
注意事項1.病毒包裝的幾個關(guān)鍵點主要包括:細胞因素、載體系統(tǒng)(盡量使用成熟的商業(yè)化載體系統(tǒng))、構(gòu)建重組的質(zhì)粒正確與否、質(zhì)粒抽提純化情況、包裝轉(zhuǎn)染控制(24、48小時的細胞及熒光狀態(tài)判斷)、目的基因?qū)Σ《景b影響(基因大小、序列情況、蛋白功能毒性等都會影響到是否能包裝成功)。,需要觀察包裝病毒后的48h培養(yǎng)基顏色是否橙紅。3.病毒濃縮:病毒一般在48h和72h各收一次。如果不想濃縮病毒的話,也可以直接將收集的病毒上清作為要的細胞的培養(yǎng)基,但是可能效果會不太好。并且一般收病毒時,培養(yǎng)基的營養(yǎng)已經(jīng)損耗了很多,那樣直接培養(yǎng)細胞會損害細胞,所以建議還是進行濃縮后再。常見問題1.包裝病毒時293T細胞狀態(tài)不好,或者鋪得過密,可以選擇放棄該次實驗。2.目的載體過大,不易。3.避免轉(zhuǎn)染過程以及后續(xù)過程出現(xiàn)的污染。江蘇模式科研技術(shù)服務(wù)外包